LL-37, ARA-290, VIP, kisspeptine-10 : peptides longs et fragments
Cathélicidine de 37 résidus, fragment d’EPO à pyroglutamate, neuropeptide amidé de 28 résidus, décapeptide de la kisspeptine : chimie et analyse comparées.
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Quatre peptides du catalogue ont un point commun : ils reproduisent une protéine endogène entière ou l’un de ses fragments, avec des tailles allant de 10 à 37 résidus. Leur chimie illustre bien les défis des peptides de taille moyenne : charge, structure, adsorption et modifications terminales.
Vue d’ensemble
| LL-37 | VIP | ARA-290 | Kisspeptine-10 | |
|---|---|---|---|---|
| Longueur | 37 | 28 | 11 | 10 |
| Origine | Cathélicidine humaine hCAP18 | Peptide vasoactif intestinal | Fragment de l’érythropoïétine | Kisspeptine (45-54) |
| Formule | C205H340N60O53 | C147H238N44O42S | C51H84N16O21 | C63H83N17O14 |
| Masse (g/mol) | 4 493,3 | 3 325,8 | 1 257,3 | 1 302,5 |
| Extrémités | Libres | C-terminal amidé | N-terminal pyroglutamate | C-terminal amidé |
| Charge à pH 7 | +6 | ≈ +4 | ≈ −2 | ≈ +2 |
| Famille | Fragments | Neuropeptides | Fragments | Neuropeptides |
LL-37 : amphipathique et collant
Le LL-37 est la forme active de la cathélicidine humaine. Riche en lysines et arginines alternant avec des résidus hydrophobes, il adopte une hélice α amphipathique en milieu membranaire.
- s’auto-associe en solution et s’adsorbe fortement sur le verre et le plastique : tubes à faible adsorption obligatoires ;
- porte de nombreux contre-ions (voir TFA ou acétate) ;
- se dissout mieux à pH légèrement acide (voir Eau acidifiée) ;
- en MS, ions de [M+5H]⁵⁺ à [M+9H]⁹⁺.
VIP : un neuropeptide amidé de 28 résidus
Le VIP (HSDAVFTDNYTRLRKQMAVKKYLNSILN-NH2) contient une méthionine (oxydation +16 Da), trois asparagines (désamidation) et deux tyrosines (quantification à 280 nm, ε ≈ 2 980 M⁻¹·cm⁻¹). C’est l’un des peptides du catalogue qui demandent le plus de soin en solution : aliquots congelés à −80 °C, solvants dégazés (voir Oxydation et Désamidation).
ARA-290 : un fragment conçu
L’ARA-290 (cibinétide) est un undécapeptide dérivé d’une région de l’érythropoïétine, avec un pyroglutamate N-terminal : pGlu-Glu-Gln-Leu-Glu-Arg-Ala-Leu-Asn-Ser-Ser. Il est acide, très soluble, et sans résidu oxydable. Le pyroglutamate bloque l’extrémité N-terminale (voir Acides aminés non naturels).
Kisspeptine-10 : le fragment C-terminal minimal
La kisspeptine-10 (YNWNSFGLRF-NH2) correspond aux dix derniers résidus de la kisspeptine-54, avec l’amide C-terminale de l’hormone. Un tryptophane et une tyrosine permettent une quantification précise à 280 nm (ε ≈ 6 990 M⁻¹·cm⁻¹ ; voir Détection UV) ; deux asparagines sont des sites de désamidation lente.
Points communs d’analyse
- Colonnes à pores larges (300 Å) pour le LL-37 et le VIP.
- Gradients lents pour séparer les délétions, nombreuses sur les séquences longues (voir Impuretés peptidiques).
- Contrôle des modifications terminales en MS : −1 Da pour l’amide, −17 Da pour le pyroglutamate formé depuis Gln.
Formats
LL-37 5 et 10 mg ; VIP 5 et 10 mg ; ARA-290 10 mg ; kisspeptine-10 5 et 10 mg. Autre fragment du catalogue, l’AOD-9604 reprend la région 177-191 de l’hormone de croissance avec une tyrosine N-terminale et un pont disulfure (voir Ponts disulfure).
